Die Bereiche Mathematik, Physik und Chemie sind bereits seit der Gründung der Königlich Technischen Hochschule zu Berlin im Jahr 1879 zentrale Bestandteile der heutigen Technischen Universität Berlin. Die Fakultät II – Mathematik und Naturwissenschaften besteht seit der Neugliederung der Technischen Universität Berlin in Fakultäten und der Einführung der Budgetierung zum 01.04.2001. Entstanden ist sie durch den Zusammenschluss der drei, seit der Fachbereichsreform vom 1.10.1993 bestehenden, Fachbereiche „Mathematik“, „Physik“ und „Chemie“.